Не очень понял вопрос. Что такое "снимать суммарную высоту прямо с прибора в котором есть альтиметр" ?
Когда пишется трек на гпс, записываются всякие данные среди них высота, долгота и широта. На гпс как у тебя (КПК) все данные берутся с приёмника гпс. Гармин, в котором есть барометр, высоту в трек записывает с показателя альтиметра, корректируя его каждые несколько минут показателем гпс.
Суммарная высота/спуск в гармине подщитевается по принципу "настоящее значение равно прошедшее + изменение высоты за время между прошедшим данным и настоящим данным" своего рода интеграция безман эмет.
Причём какие промежутки времени беруться - не известно, это не обязательно кецев записи точек.
А в КомпеГПС эти промежутки времени определяются именно точками, потому могут быть отклонения между показателем гпс и показателям программы.
Верится, что более точное данное всётаки у гпс чем у программы, хотя в теории они должны быть идентичны.