Снимать багажник - это наиболее правильно, но хлопотно.
Обычно на авотопомойках человеки в курсе дела и как-то включают особый режим,
при котором моется всё, кроме крыши машины, а крышу они намыливают вручную щётками,
перед тем как въезжаешь в автомойку.
Просто перед тем как заехать, уточни у них.